Kada se dobra skladište u carinskom skladištu, dovodi se u pitanje obračun PDV. U odredbi zakona o PDV, propisuje se poresko oslobođenje sa odbitkom prethodnoh poreza prilikom prometa prevoznih i drugih usluga. Takođe ovo je slučaj i sa uvoznim dobrima, ukoliko je vrednost tih usluga sadržana u osnovi obračuna PDV prilikom uvoza dobara.

Prilikom obračuna PDV za skladištenje robe u carinskom skladištu postoji mogućnost razvoja dve situacije. Prva situacija je ona u kojoj naknada za uslugu skladištenja nije u osnovi za PDV prilikom uvoza dobara, kada se izvršava obračun PDV na pomenutu uslugu skladištenja.

Druga situacija je kada je naknada za uslugu skladištenja sadržana u osnovi za obračun PDV, kada se ne obračunava isti na uslugu skladištenja.

Dakle obračun PDV, kod robe u carinskom skladištu, prvenstveno zavisi od činjenice da li je naknada za skladištenje sadržana ili nije u osnovi obračuna za PDV, prilikom uvoza dobara. Postoji dokumentacija carine kojom se ovo može utvrditi, kako bi se znao dalji sled postupaka.