S obzirom da zaračunati troškovi predstavljaju deo naknade za izvršeni promet, poreski tretman prefakturisanja predmetnih troškova prati poreski tretman prometa – ako je promet oporeziv PDV i na iznos prefakturisanih troškova se obračunava PDV, a ako je promet oslobođen PDV, oslobođeno je i prefaktuirsanje troškova.
Po osnovu prefakturisanja troškova koji se smatraju naknadom ili delom naknade za izvršeni promet dobara i usluga izdaje se dokumet koji treba da sadrži elemente propisane odredbama člana 15. Pravlinika o određivanju slučajeva u kojima nema obaveze izdavanja računa i o računima kod kojih se mogu izostaviti pojedini podaci. Taj dokument se smatra računom u smislu člana 28. stav 2. Zakona, tj. PDV iskazan u tom dokumentu obaveznik PDV može da odbije kao prethodni porez u skladu sa Zakonom. U praksi se najčešće ovaj dokument naziva knjižno zaduženje, mada naziv dokumenta nije od uticaja na određivanje poreskog tretmana predmetnih troškova, niti na pravo primaoca dokumenta na odbitak prethodnog poreza po tom dokumentu.
Prema odredbama člana 15. Pravilnika o računima, kada posle izvršenog prometa dobara ili usluga za koji obaveznik PDV ima obavezu obračunavanja i plaćanja PDV, obaveznik PDV prefakturiše iznos zavisnih troškova predmetnog prometa (što znači da se radi o povećanju osnovice), obaveznik izdaje PDV dokument koji naročito sadrži podatke o:
- -nazivu, adresi i PIB-u izdavaoca dokumenta,
- -mestu i datumu izdavanja i rednom broju dokumenta,
- -nazivu, adresi i PIB-u primaoca dokumenta,
- -iznosu za koji je povećane osnovica za obračunavanje PDV, tj. neto iznosu prefakturisanih troškova,
- -poreskoj stopi,
- -iznosu za koji je povećan iznos obračunatog PDV, tj. iznosu PDV obračunatog na neto iznos troškova i
- -broju i datumu izdavanja računa za izvršeni promet dobara ili usluga.
Kada se posle izvršenog prometa dobara ili usluga koji je oslobođen PDV ili ne podleže oporezivanju, obaveznik PDV prefakturiše iznos zavisnih troškova predmetnog prometa (što znači da se radi o povećanju naknade za izvršeni promet), obaveznik PDV izdaje dokument koji naročito sadrži podatke o:
- -nazivu, adresi i PIB-u izdavaoca dokumenta,
- -mestu i datumu izdavanja i rednom broju dokumenta,
- -nazivu, adresi i PIB-u primaoca dokumenta,
- -iznosu za koji je povećana naknada i
- -broju i datumu izdavanja računa za izvršeni promet dobara ili usluga.
S obzirom da prefakturisanje zavisnih troškova prometa u svemu deli sudbinu glavnog prometa, to se odnosi i na primenu poreske stope PDV. To znači da ako je glavni promet oporeziv po opštoj stopi PDV i na iznos zavisnih troškova koji se prefakturišu primeniće se opšta stopa PDV (navedeno naravno važi i za primenu posebne stope PDV). Pored toga, na iznos prefakturisanih troškova, primenjuje se stopa PDV koja je važila u momentu prometa, što je značajno u slučaju kada u međuvremenu dođe do promene stope PDV.
Prefakturisanje zavisnih troškova prometa deli sudbinu prometa i u pogledu iskazivanja podataka u poreskoj prijavi PDV, što znači da se iznos osnovice i iznos obračunatog PDV iskazuje na istim poljima Obrasca PP PDV, kao i podaci o glavnom prometu.
Po osnovu prefakturisanja zavisnih troškova prometa dobara i usluga, tj. povećanja osnovice za obračunavanje PDV (ili naknade ako je promet oslobođen PDV) ne postoji obaveza podnošenja izmenjene poreske prijave PDV, već se podaci o izvršenom prefakturisanju troškova iskazuju u poreskoj prijavi PDV koju obaveznik PDV podnosi za poreski period u kojem je izvršeno prefakturisanje troškova.