Potraživanje novčanih sredstava po nekom drugom osnovu, a ne po osnovu prometa dobara i usluga, nije predmet oporezivanja PDV. U praksi se, javljaju i drugi slučajevi u kojima obveznici PDV prefakturišu troškove koji mogu nastati po različitim osnovima. 

Jedna od karakterističnih situacija u kojoj prefakturisani troškovi ne predstavljaju naknadu ili deo naknade za promet dobara i usluga, jeste kada primalac usluga, odnosno kupac dobara potražuje neke troškove od pružaoca usluga, odnosno dobavljača. To je npr. veoma čest slučaj u međunarodnoj trgovini, tj. kod izvoza ili uvoza dobara. 

Tako npr. kada obveznik PDV organizuje prevoz dobara (angažuje prevoznika) koji nabavlja u inostranstvu, pri čemu prema ugovoru sa dobavljačem iz inostranstva iznos troškova prevoza prefakturiše inodobavljaču, iznos predmetnih troškova ne predstavlja naknadu ili deo naknade za promet dobara ili usluga, s obzirom da obveznik PDV ne vrši inodobavljaču nikakav promet (već obrnuto). Isti je slučaj i kada bi obveznik PDV potraživao iznos nekih drugih troškova od inodobavljača. 

Prefakturisanje troškova kredita (kamata i drugi troškovi) koji obveznik PDV vrši kupcu dobara, predstavljaju deo naknade za izvršeni promet dobara (kada se radi o kreditu kojim se plaća naknada za isporučena dobra). Međutim, u obrnutoj situaciji, kada obveznik PDV - kupac dobara potražuje troškove kredita od dobavljača, iznos tih troškova ne predstavlja naknadu ili deo naknade za izvršeni promet dobara ili usluga, s obzirom da kupac ne vrši nikakav promet dobavljaču. Ova situacija se javlja u slučaju kada npr. kupac ugovori sa dobavljačem nabavku dobara, a za finansiranje naknade uzima kredit od poslovne banke, pri čemu je dogovoreno da će troškove kredita snostiti dobavljač. Ovakva vrsta ugovaranja se u praksi najčešće javlja među povezanim licima.  

Potraživanje troškova vođenja sudskog postupka kada se ne radi o postupku za naplatu potraživanja nastalog po osnovu izvršenog prometa, nije predmet oporezivanja PDV. Tako npr. kada obveznik PDV izvrši plaćanje avansa za buduću isporuku dobara, a obveznik PDV primalac dobara ne izvrši isporuku dobara u ugovorenom roku i ne izvrši povraćaj avansa, potraživanje troškova sudskog postupka (npr. takse za podnošenje tužbe, advokatske usluge i sl.), po tužbi davaoca avansa za povraćaj avansa, nije oporezivo PDV, a obzirom da ne predstavlja trošak koji se zaračunava kao sporedan trošak prometa. 

U praksi se javljaju slučajevi da poslovna banka dug po kreditu naplati od jemca umesto glavnog dužnika (u slučaju kada glavni dužnik ne vrši otplatu kredita u skladu sa ugovorom o kreditu). Kada obveznik PDV od kojeg je, kao jemca, banka naplatila dug ili deo duga po kreditu, prefakturiše taj iznos prema glavnom dužniku, po tom osnovu ne postoji obaveza obračunjavanja PDV, s obzirom da se ne radi o naknadi ili delu za izvršeni promet dobara ili usluga. Ni u ovom slučaju, kao ni u ostalim slučajevima u kojima se ne radi o naknadi ili delu naknade za izvršeni promet, obveznik PDV ne izdaje račun iz člana 42. Zakona. 

Kada obveznik PDV od poslovnih partnera iz zemlje i inostranstva potražuje troškove smeštaja i prevoza za zaposlene kod poslovnih partnera, prefakturisanje tih troškova ne smatra se oporezivim događajem, imajući u vidu da se ne radi o naknadi za izvršeni promet dobara ili usluga. Naime, stvarni korisnici usluga smeštaja i prevoza zaposleni kod poslovnih partnera ili ti poslovni partneri, a obveznik PDV samo privremeno snosi (plaća) te troškove.